赶来救援的是商毅的两个警卫连，一共有四百多人，他们一直守在皇宫的承天门外，刚才趁着太和殿里一片混乱的时候，商毅派吴亮偷偷溜出了大殿，点燃了信号弹，招唤他们进入皇宫来，然后自己在午门附近等着他们进来，。正因为有这一支援军在皇宫外面，商毅才敢在太和殿内死守。
在外面等候着的两个警卫连是由安徳烈指挥，一见宫中发出了烟花信号，知道商毅遇到了危险，立刻带领着士兵们杀入皇宫，从承天门到午门的一路到是通行无阻，但在进入午门的时候，却遇到了阻击，而阻击他们的，同样一群黑衣人，不过里面还夹杂着一些宫中的卫士。
但商家军可不管那个，因为在他们心里，商毅才是高于一切的，虽然进攻皇宫，让中国的士兵也许还有一点小犹豫，但黑人士兵可就一点顾忌也没有，中国的皇宫对他们并没有什么特殊意义，在他们心里，商毅把他们从奴隶变成了正常人，因此全部都是从心里感激商毅，而且只有在商毅的手下，他们才能够有做人的尊严和自由，一但离开商毅，他们将再度沦为奴隶，甚致根本就无法在中国生存下去，因此无论是谁挡在自己面前，都会毫不客气的举起手中的步枪，向挡在自己面前的人开枪射击。
守在午门的黑衣人并不多，一共只有五六十人，根本架不住商家军的这一阵步枪齐射，很快就被打散了，安德烈也带着商家军，冲过了午门，杀进了皇宫里。然后和在这里暗中等待着他们的吴亮碰头，由吴亮带领着，向太和殿的方向杀过来。
这时围攻太和殿的那批黑衣人也发现了商毅的援军杀进了午门，其实直到现在，他们还是没有弄清楚，守在太和殿里的商家军，到底有多少人。按为首的周护法估计，至少应该有二十人。但现在自己己陷入了被商家军前后夹击之中，因此史护法只得下令，暂时撤退。
于是在这批黑衣人撤退了之后，安德烈和吴亮也带领着警卫连，冲进了太和殿。
见自己的卫队终了赶到了,商毅也不禁心中大定,有了这四百多人，四百多杆枪，就算是再多的敌人，也可以抵挡一阵了，这才都从金阶下来。然后揭开几个死去的黑衣人的头罩，果然不是光头就是梳着辫子。
史可法和吴甡也都有些诧异，道：“他们都是满人？。”
商毅也点了点头，但沒有说话。看来夕颜和清朝的細作人员的这一次行动，是策划己许久的。单从混入皇宫的人数来看，这个规模绝不是小数，而且刚才那批黑衣人只是撤退，肯定还留在皇宫里，因此还要尽快采取行动，把他们消除干净才行。
这时在太和殿里的其他文武大臣们还有宮女、太监和少量的护卫也都松了一口气，至少商毅还是可靠的。在刚才战斗的时候，众人都本能的躲到了太和殿的两侧，而黑衣人也只顾着进攻金阶，并没有顾及到他们，因此大臣、太监、宫女、护卫都没有受到什么伤亡，只是受手榴弹爆炸的残片波及，有十几个人受了伤，但伤势都不重，这时见黑衣人都撤了，商家军控制了太和殿，这才纷纷都从角落里出来，围着商毅问长问短。也有人向史可法和吴甡询问，该怎么办？
商毅道：“各位大人，现在不是详细解释的时候，但刚才发生事情大家也都看到了，淑妃是清虏派到宫来的奸细，而且她还在宫里暗中隐藏了一批清虏的细作人员，在刚才的宴会害死了皇帝。现在恐怕有很多清虏的细作人员混进了皇宫里，也许还有混入南京城里的人。”
众大臣听商毅这么一说，虽然还有细节还不淸楚，但大体也确实是这么一回事，因为刚才众人也都听夕颜一伙人自己承认了是清廷的奸细，而且地躺着的几个人也都留着清人的标志性的辫子，这一点基本是不容怀疑，致于其他的事情，现在也确实不是刨根问底的时候。
于是也有人问道：“商督师，那么我下一步该怎么办？”
商毅道：“皇架崩的消息暂时不宜公布，而且现在皇宫里也不知有多少细作，刚才闹得那么大的动静，也没有见卫兵赶来，这也说明，他们来得一定不少，因此大家暂时不要离开太和殿，我调来人马，先控制住整个皇宫，把清廷的奸细都一网打尽，然后再作处理。诸位看怎么样？”
虽然商毅是用商量的口气在向众大臣询问，但现在谁都清楚，整个太和殿都己在商毅的控制之中，甚致说整个南京也都被商家军接管了，他想怎么样做，谁也阻栏不了，何况现在众大臣的头脑里都是一片空白，谁也拿不出一个办法来，因此也只能听商毅的。
于是商毅也立刻下令，让安徳烈带领着第二警卫连在太和殿外布守，第一警卫连抽出三个排，每个排找两个宫中待卫带路，在皇宫里搜找淸廷细作的位置，同时又命吴亮带一个排立刻出宫，到钟鼓楼去找在那里驻守的段鹏，立刻把特种旅带到皇宫里来。
安派完这些事情之后，商毅才又命太监把太和殿里的尸体收拾一下，并扯下纱帘蒙好，而朱由崧的尸体，先暂时用几张桌子拼戌一大台放置，也用一块幕帘给蒙。同时又把倒了桌椅都扶起来，让众大臣就坐。等待着商家军的大队人马赶到皇宫来。
而还沒等这些事情做完，在太和殿外，有一个警卫排己经回报，说着清廷的细作又杀回来了，而在大殿里，不少官员又慌了起来，有些宫女甚致都吓哭了。商毅对史可法和吴甡道：“两位阁老，这里面就交给你们照看，我出去指挥。”
史可法也点了点头，道：“你放心，这里面就交给我们了。”
商毅出了太和殿，虽然除夕之夜没有月光，但今晚天气睛好，星光也十分明亮，基本可以看得清楚，只见在殿前的广场，人影密布，至少也有四五百号人。商毅也不禁有些吃惊，想不到清廷竟然混进来了这么多的人。
原来早在十月的时候，清廷就想尽各种办法，向南京渗透细作人员，前前后后总共派出了有近千人。按说这么多人潜入南京，不可能一点蛛丝马迹都没有留下，就算东林党无能，但玄皇教总能发现一点什么，只是当时整个南京都陷入东林党的内斗之中，就连玄皇教也被牵到大量的精力，因此除了玄皇教发现紫明楼这个据点以外，对于其他的情况几乎一无所知。
等商家军进南京之后，淸廷的潜入人员己经隐藏好了，只等着行动的时机。而且在商家军抄了紫明楼之后，商毅也以为将清廷的细作基本清除，因此也放松了追查，当然这也和阿济格的大军到达了南京城外，商毅的主要精力投入到军事方面也有关。