对朱聿键被清军擒杀，虽然商毅也有一定的责任，但并不觉得有什么可内玖的，因为就是出动兵力救出朱聿键，依然改变不了隆武朝廷亡灭的事突，最多只是保住朱聿键这一个人，只有郑芝龙终于还是决定投降清廷，结果反而被清军软禁的结果十分惋惜，但在这件事情，自己确实己经尽了全力，毕竟自己对郑芝龙的影响力有限，既然郑芝龙连兄弟儿子的劝告都听不进去，那么自己又能有什么办法呢？
本来现在江浙一带的形式很好，商家军在湖北击败了清军的第三次进剿，在长江又击败了清军的水师，重新打通了和湖北的水路联糸，迫使清军不得不收缩兵力，防守南京。
但福建和江西相继被清军攻占，也使浙江的西南面也全面受到清军的危胁，而且这个时候商毅所占领的地盘，也都彻底被清军包围，和南明其他地方没有一点接壤的地方了。而且清军还收降了郑芝龙的大量军队，兵力又得到了一次急剧的扩张，同时还有相当一部份是海军，对浙江的危胁也大大增加了，商毅也不得不在浙江西南面布置相当的兵力驻守。因此下一步收复南京的计划，又存在了很多的变数。
好在是福建虽然被清军占领，但商家军的情报网络却并没有遭到太大的破坏，因为玄皇教在南方经营了近二百年，基础十分牢固，经得起一些重大的变化事故打击，因此南方的情报还是源源不断的传到了杭州。
清军攻占了福建省之后，洪承畴和勒克德浑返回南京，而清军的金声桓、尚可喜两部正在集中兵力，准备进次江西南部的吉安、赣州等地。觉罗巴哈纳驻守在福州。
而在南明一方，福州被清军攻破之后，并不是所有人都跟着朱聿键一齐北进，大学士苏观生、总兵林察等人，保护着朱聿键的弟弟朱聿鐭，南逃到了广东潮州。而这时被隆武朝廷赶出福建，只能在江西南部存身的鲁王监国朝廷，也逃进了广东韶州，而得知隆武朝政灭亡之后，鲁王监国朝廷觉得大有可以，于是派人来招降隆武朝廷的余部，希望借此扩大自己的力量。
但隆武朝廷和鲁王监国朝廷之间曾发生过激烈的冲突，因此隆武朝廷的余部官员们担心自己投靠到鲁王监国朝廷之后，会受到排挤，丁魁楚、吕大器等人都主张奉在广西称帝永历朝廷为正朔，而苏观生同广东布政使顾元镜、侍郎王应华却觉得与其这样乞怜于他藩，不如干脆自己另起炉灶，援引兄终弟及的名义拥立朱聿鐭为帝，并改元绍武。然后抢先进入广州。
绍武朝廷本来就是伧促而立，所依靠的基本是一批广东官场中的投机分子和不得志的士绅武弁。在兵力除广东总兵林察所部以外，十分薄弱，苏观生只得招来了石壁、马玄生、徐贵相、郑廷球等海盗部队，借以增强绍武政权实力。
而这时鲁王监国朝廷正做得招收隆武朝廷余部，占据广东为基础的美梦，沒相到隆武朝廷余部一下孑又弄出一个皇帝来，鲁王朱以海自然恼火，自己的血统可比朱聿键、朱聿鐭兄弟都近，但现在才挂着个监国，而他们兄弟到好，前后脚都直接称皇帝，而且还抢先一步把广州给占了。因此朱以海立刻下令，派方国安率军进攻广州。
但绍武朝廷虽然立朝仓促，但军事力量到还不算差，林察本是郑芝龙的部队，颇有勇武，石壁、马玄生、徐贵相、郑廷球都是海盗出身，也干惯了刀头舔血的勾当，因此双方大战一场，方国安被他们杀得大败，而朱聿鐭还下令乘胜进军，攻打韶州。而鲁王监国朝廷在广东也混不下去了，只好逃到广西梧州安身。
在另一方面，郑芝龙虽然被清军挟持北，部将也大多降清，但余部之中，还有相当一部人拒绝降清，但这时群龙无首，都是各自为战，割据一方。除了林察投靠了绍武朝廷之外，郑彩据守在厦门岛，郑鸿逵占据金门岛，郑芝龙的部将陈豹占据南澳岛。
而郑成功虽然是郑芝龙的长子，但领军的时间并不长，因为手头并没有多少实力，本来和郑鸿逵一赴据守金门岛，但得知老家安平遭清军洗劫的消息之后，他马率部从金门赶回，但这时的安平，己被清军洗劫一空，郑氏的老家成为一片废墟，而郑成功的母亲田川松也未能躲过这场灾难，遭到清军之后，自尽身亡。
悲愤交加的郑成功厚葬母亲之后。以老家安平为基地，誓师起兵。但这时郑成功手下的人马不足千人，是郑芝龙余部之中实力最弱的一支。而就在这时，商毅又写给郑成功一封信，表示自己愿意帮助郑成功报父母之仇，并且可以支付他一批物货军器钱粮，招集父亲的余部，扩充兵力，并约请郑成功会面。
商毅当然知道，要打破目前的不利局面，当务之及是扶植一支郑氏余势力量，在福建起兵，牵制清军的力量，这样才能减少自己的后顾之忧，集中兵力投入到收复南京的计划中。而郑氏余势力量中，能够扶植的，当然只有郑成功了。虽然郑成功的性格中有不少缺点，但在抗清这一点，是绝对坚定不移的。因此在郑成功出使杭州之后，商毅也一直保持着和郑成功的联系，也就是为这一刻准备的。
不过在另一时空里，在郑芝龙被清军挟持之后，郑成功差不多花了近一年的准备时间，才开始正式出兵抗清，虽然取得了一些成果，但终于是因为郑成功崛起的时间太晚，南眀的最好机遇，已经错过了。
而现在己是七月中旬，跨海突袭，收复南京的计划己经迫在眉睫，商毅也不可能等郑成功慢慢的积攒力量，因此要利用自己的名望，帮助郑成功，尽快扩充实力，整合郑芝龙的余部，让他在短时间內俱备在福建和清军作战的实力。牵制清军的兵力。
郑成功虽然己经誓师起兵，但这时他手下兵不满千，将不过数员，船不过三十余艘，而且安平是弹丸之地，地方狭小，又无险可守，不能做为基础，也可以说是万事艰难。在这种情况下，商毅主动向郑成功表示支持，并且原意给他提供物货军器钱粮，完全就是雪中送碳，而且郑成功对商毅一向敬佩，因此对商毅更是感激万分。
于是郑成功也立刻给商毅回信，向商毅表示了自己的感谢之情。并且表示原意接受商毅的帮助。正好这时驻守南澳的陈豹也派人来向郑成功表示效忠，并且愿意把自己部下的三千余众的兵力全部都交给郑成功指挥。
南澳是位于福建最南端，漳州府与潮州府交界的一个海岛，面积约在近五千平方公里，而是距离陆地只有三十余里的海路，和台湾隔海相望，进可攻，退可守，地历位置十分优跃，一直都是南部沿海的总要岛屿。而陈豹是追随郑芝龙多年的旧部，为郑氏十分忠心，而且在漳州府、潮州府沿岸一带颇有名望。得到了他的帮助和支持，对郑成功起兵，使郑成功在起兵之初，不仅马扩大了兵力，而且有了一块立足之地，起到至关重要的作用。
因此郑成功也约请商毅，到南澳岛来会面。
收到了郑成功的回信之后，商毅也十分高兴，首先命先驻守台湾的沈寿岳带一个团的兵力，首先赶到南澳岛，和郑成功会面。
这个时侯商毅已经向台湾移民三十余万，加台湾本地的居民，和从日本掠带过来的人口，总计在商毅治下的人口己经超过了四十万，组成了大小数百个村落。而且和台湾的大部份土著都保持着良好的关糸，现在己经占据了台湾七成以的土地，并且在北部地区，兴建了基隆、宜兰、新竹、桃源四座城市，还开垦了大量的良田，煤矿、铁矿、金矿等，不仅完全实际了自己自足，而且还能支应浙江一部份物资，也呈现出十分兴旺发达的景像，与荷兰人统制的地区呈现出截然不同的样子。