最后处理的，就是西班牙远征军中的两名中国人，或者叫生理人，袁朴和吴雁鸣。这两个人都是西班牙军的向导，但做梦也想到，西班牙军会败得这么惨，竟然是全军覆没，一个也没逃了。看着俘虏一批一批被审叛，有的释放，有的做苦工，两人也不由紧张起来。不知道会怎样对待自己。
等商毅叫到两人的名字时候，袁朴和吴雁鸣都吓得全身发软，一齐跪伏于地，痛哭流涕，给商毅叩头不止，讫求侥命。
商毅道：“你们两个都是中国人，为什么要帮西班牙人来攻打中国呢？”
袁朴忙道：“回禀大人，小人两个都是在马尼拉经商的生意人，本来也不愿帮洋鬼子侵犯天朝，只是妻儿老小，身家性命，全都掌握在干系腊人手里，也是迫不得己，还请大人明察呀。”
商毅点点头，道：“按你们两人的说法，到也算是情有可原，好吧，你们是被迫还是自愿，本官自会详察，如果本官察明，你两人是被迫，自然会将你们释放，若是自愿，本官也绝不轻饶。不过在本官察明之前，暂时将你两人监禁起来。” 于是将他们和那二十名牧师关在一起。
其实商毅虽然不清楚真像，但也估计这两人所说绝不是实情，他们肯定不会是被强迫，多半是被利诱，最多也是半迫半诱，因为一般来说，向导是不可能被强迫的。不过他们两人和投降满清的性质又有不同，主要是因为大明政府对南洋诸地釆用放任的措秩，拱手将自己昔日的附庸让给了欧州人，在发生1603年的马尼拉华人大屠杀之后，明朝政府的态度却是不闻不问，甚致认为马尼拉的华裔商人是咎由自取。也使南洋的商人在沒有祖国做依托的情况下，不得不屈从于欧州人的统治。
当然虽然有这些原因，商毅也不认为袁朴和吴雁鸣的做法就是可以原谅的，毕竟在民族国事大义面前，其他的私人利益必须放在其次的位置。这次西班牙入侵，同样是马尼拉商人，张庚秋选择的却是向官府通风报信，这就是区别。
不过商毅暂时不想处置他们，是因为杀他们再容易不过了，也就是一刀的事，但留着他们，说不定以后还有大用。当然前提是他们在马尼拉不是充当给西班牙人助纣为虐的角色，这一点商毅打算找李格菲和张庚秋求证一下。如果他们只是一般商人那就算了，商毅还打算收为已用。
全部的俘虏也处理完了，商毅这才又命沈寿崇返回昌国卫，招集愿意正式加入商家军的士兵，赶到杭州府去向自己报到。同时也将商家军的士兵的侍遇、要求、条件和纪律都向沈寿崇做了详细的说明，也让他转告给昌国卫的每一名士兵。
然后商毅才下令，让周少桓先带队，撤军回杭州府。自己和亚莉桑德拉一起，押送着所有的战船，赶到船厂去。
商毅调集的战船都停泊在绍兴府的临山卫，和船厂隔海相望。但缴获的西班牙战船有不少需要修整，另外商毅也希望将所有的西班牙战船都做一些改进。
这到不是说西班牙帆船的性能有问题，而是因为在这个时代，西班牙帆船的脏乱，也是在欧州出了名的。这要要是一方面是因为西班牙帆船的船员较多，又要装货，结果造成空间狭小，拥挤。而另一方面，也是因为西班牙帆船在设计上有缺限，缺少卫生间、通风设施和排污渠道，结果导致卫生状况极为恶劣，一般来说，除了船长或少数高级人员的房间和甲板表面稍好一些之外，船甲板下的空间，由其是一般船员和士兵的宿舍，几乎就像地狱一样，到处都是垃圾和各种昆虫、老鼠。充满了“地狱的气息”和“恶魔的味道”。
在缴获了战船之后,商毅也只在“银河战舰”号上，下过一次甲板以下，就再也不敢去了，同时也不得不佩服，从西班牙赶到马尼拉，至少要七八个月的时间，西班牙的士兵们是怎样忍受这一切。整个这支舰队，大概只有亚莉桑德拉的座船“海上玫瑰”号的卫生情况要稍好一些。因此在赶去船厂的途中，商毅放弃了乘坐“银河战舰”号，而是乘坐“海上玫瑰”号。
相比之下，荷兰和英国的船，在这方面就要好得多了。因此荷兰和英国取代西班牙成为海上的霸主，也不是偶然的。要知道这些细节看似与战斗无关，但却会极大影响士兵的情绪和士气。
因此商毅要重点改造的就是每一条船的卫生设备和通风、排污糸统。商毅可不希望日后自己会乘做着充满了恶臭的战船，驰骋在碧海青天之间。
商毅对西班牙帆船的改造计划，也得到了亚莉桑德拉的大力支持，因为女人比男人更爱干净，她对西班牙帆船的脏乱早就深恶痛绝了。“海上玫瑰”号可是她逼着船员每天清扫，才能够保持着清洁。而且她也极少蹬上其他的战船，就是受不了别的战船上的脏乱。
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等商毅带着船队到了造船厂之后，胡江滨也吓了一跳，虽然他以有些习惯了商毅的大手笔，但没想到商毅能够一下弄来这么多西班牙式大帆船，而且几乎都是一千料左右的大船，其中也有不少一千五百料的大船，还有两艘估计应该是二千料的大船。
胡江滨也不禁激动万分，虽然他在马尼拉的造船厂里造过二千料的大船，但那时他只是一个普通的造船工人，顶多只是一个小工头，付责的也仅仅是整条船的一些局部，而且西班牙人对造大船的技术管制的很严，很少给他能够窥视全貌的机会。更不用说是让他仔细的研究整条船的结构。只能靠胡江滨平时一点一点的观察积累，然后自己汇总。但现在商毅一下子开来了五六十条船，自然是够自己研究了。
因此胡江滨在码头上迎接商毅的时候，也禁不住伸长了脖子，向船上看去，看那样子，仿佛恨不能马上跑到船上去，里里外外都看一遍。
商毅看到他的样子，也不禁笑道：“胡师傅，不要急，这船就在这里停着，你以后还有的是时间看。现在我还有事情要向你交待。”
胡江滨也觉有些不好意思，道：“让大人见笑了。”