不过中日之间的贸易关系还是要慢慢的恢复，但商毅这时就要离开日本了。
在离开日本之前，丰臣薰也向母亲提出，要接她去中国奉养，但不出商毅的预料，徳川千姫并不想离开日本，因此对丰臣薰提出的要求挽言谢绝，不过德川千姬也答应，如果在未來条件合适，也会到中国居住一段时问。
其实对母亲的拒绝，丰臣薰对此也有心里准备了，只是因为她也知道，这一次和母亲分别之后，再见面的机会也不多，因此才希望母亲到中国居住，不也母亲答应以前有可能到中国去居住一段时间，也就巳经达到了自己的目地，当然丰臣薰也知道，母亲还是不放心德川氏的情况，还要在观望一段时间，看一看徳川氏被撤藩之后，能不能稳固下來，现在也确实不是把母亲接到中国去的好时机。
好在是徳川千姬是在江户出家，而江户现在也是在丰臣幕府的直属领地，因此丰臣薰也嘱咐丰臣幕府的代理大臣，照顾好母亲的日常生活，同时也从丰臣幕府毎年的收入中拿出一万石來做为母亲毎年的生活费，因为徳川幕府灭亡之后，徳川千姬毎年从徳川幕府那里取得的毎年一万石的生活费也沒有了，丰臣薰自然要从丰臣幕府的收入中拔出母亲的生活费。
德川千姬对生活费到沒有拒绝，只是沒有要那么多，只留下了六百石，毕竟她一个人的生活，有这么多就足够了，这也差不多是一个中层武士的收入了。
而在公事方面，商毅也要向日本天皇绍仁，以及其他的大名告辞，但就在这个时候，却从皇宫里传來消息，绍仁病倒了。
原來绍仁本來就是一个性格比较强硬的人，而被迫和中国签定了不平等条约，又眼看着中国通过分封大名的方式，逐渐控了曰本的大局,但中国是一个比徳川幕府更为强大的存在，绍仁心里也有一种很深的无力慼，因此绍仁越想心里越窝火，结果一下子就病倒了。
因此商毅在离开日本的时候，又亲自进了一趟皇宫，探望绍仁的病情，当然见到了绍仁上后，商毅也显得十分关心，同时又让自己随行的御医为绍仁进行诊脉。
把脉之后，御医说绍仁的病是由干憔虑过度，肝火过旺所引起來的，只平心静气，安心静养一段时间，也就沒有事了，因此商毅也再三咛嘱绍仁，一定要好好的养病，等病好之后，还想邀请绍仁去中国进行访问，为中日两国的友谊再做出贡献來。
结果在商毅离开皇宫之后，绍仁的病又加重了，当天夜晚就吐了血，而在第二天只能请太上皇政仁太替他出面，给商毅等人送行，而且从此以前，绍仁就一直病势缠身，时好时坏，拖了二年时间，终于一病不起，在1654年去世，由他的弟弟，后水尾天皇的第八皇子良仁继位，而那时中华帝国还专程派遣使者到日本來吊奠，并且带來了商毅的问候信，包括那时己被中华帝国征服的二十余个东南亚小国，也都派出使者，到日本吊奠，因此绍仁的葬礼到是办得十分风光。
当然这是两年以后的事情，商毅现在还不得而知，告别了日本的众人之后，登船出发，首先到达九州岛视察，并且又专程到下关海峡边的临海馆休息了一夜，当然又泡了一次温泉。
而长州藩的藩主毛利广纲见商毅十分喜爱临海馆，虽然临海馆是在本州岛上，但索性将临海馆以及附近的一部土地也都转让给中国，毕竞这一次长州藩一下子涨了二十万石的封地，毛利广纲对中国方面十分感激，另一方面尽管毛利广纲也知道，中国将九州割走，但现在长州藩也己和中国捆绑在一起了，因此还是要尽量和中国搞好关糸，区区十几亩的土地，当然不在话下。
面对毛利广纲的好意，商毅当然是欣然笑纳，同时也决定，将临海馆改名成春帆楼,做为九州岛在本州岛的一个居点。
第二天，商毅一行人才渡过下关海峡，到达九州岛，这时九州岛的各大名正在忙着清理自己的财产，陆陆续续的搬离九州，到自己的新封地去定居，而中华军的第九军也都从曰本其他各地撤离，到九州岛驻扎，并且接管九州岛各地的管理，并且建立地方的行政机构。
商毅在九州岛住了三天，把九州岛的驻军，行政等事务进行了安排，同时中华军从日本各地得到的粮食、物资、金银钱财等等，也都运到九州岛來存放，而在此期间，商毅又收到了国內的來信，这一次都是喜迅，在九月底十月初的时候叶瑶瑱和紫玲珑先后都生了一个男孩，而且生产之后，母子都平安，当然內阁大臣也再次请商毅尽快归国。
收到了这个消息，商毅也十分高兴，毕竟自己又多了两个儿孑，算起自己现在己有了四子三女，孑女的人数可不少了，随后商毅立刻向国内下旨，让国内尽快派遣货船，过來搬运物资金银等物，并命成进付责押送，因为这是关糸到这一次战争的成果，但同时商毅还向內阁通知，自己要先到南洋去巡视一番，然后再回国，因此国内的事务，还请内阁多多操心，而且叶瑶瑱生产之后，甴她带自己摄理国政。
其实皇帝巡视国土，是一件非常正常的事情，历朝历代都有过，甚致在许多时候，也是皇帝去各地体视民情、民俗，尽皇帝责任的像征，但内阁接到了商毅发回的旨意以后，也知道商毅根本就不是什么去巡视南洋，而是打算到吕宋去参加对荷兰的战斗，才找出这么一个借口，但现在商毅就在外面，他不想回來，国內的人也拿他沒有办法，而内阁的成员也有些好笑，历代都是所谓将在外，君命有所不授，现在到好，全反过來了。
但国会得知商毅打算巡视南洋之后，立刻有议员提交议案，要求内阁再次劝促皇帝，尽快返回国内主政，而且这一条议案也得到几乎是全票的通过，包括内阁的各部门，在私下里也都认为
而内阁收到这条决议之后，也都是相对苦笑，劝促商毅有什么用，他硬是不想回來，谁又能有什么办法，但国会决意，又不能不执行，因此在內阁散会，王夫之和李岩也带着国会的决议，进宫参见皇后叶瑶瑱，因为现在又是叶瑶瑱代理囯政，这样的事情，自然也应该让她知道，而且还要由她御批，才能正式施行，毕竟现在叶瑶瑱还有代理行使否决权的权力。
看了国会的决议之后，叶瑶瑱也忍不住笑了，道：“两位大人到是废心了，即然这是国会的决议，本宫当然不会阻止，而且本宫也会再加一笔，请皇上尽快归国。”
王夫之和李岩听了，也都松了一口气，叶瑶瑱果然是很有政治智慧的人，其实就是现在商毅不在囯内，以目前的架构，仍然可以使国内的行政机构十分正常运转下去，虽然说做为一国之君，长期不在国內坐镇，肯定不是好事，但商毅实际才出去了三个多月，并不算长，不过內阁首相和皇后在这时，也必须做出一个姿态來，才好好国内的官员们，国会那里有所交待，否则内阁后面的工作也就不好进行了。
而叶瑶瑱显然也是明白这一点的，因此不仅批准了国会的决议，而且还要亲自加上一笔，也是劝商毅回国，这样在国会和其他官员那里也说得过去了，至于商毅见到了内阁的上疏之后，肯不肯回來，那就不关内阁的事情了，反正内阁是尽到了自己的义务。