太平洋的海底，突然隆起来了一个神秘的超古代遗蹟。
从那里出现的邪恶魔鸟，怪兽佐加支配了整个天空。
虽然迪迦奥特曼和丽娜一起把它消灭了。
但是，新的危机才只是刚刚的开始。
神秘的超古代遗蹟，狂暴的闪电肆nVe。
神秘的黑雾，开始从遗蹟向着世界各处席卷开来。
天空被遮蔽，大地被掩盖。
黑暗的世界，就像大古梦中的那般，已然出现。
“你觉得我们能赢吗？如果，我们的命运注定最终要灭亡的话......”
白雪号上，丽娜对着大古有些不自信的说道。
“这是什麽命运。我们一定要改变它！”
大古的坚定回答，让丽娜动摇的心也开始稳固了下来。
伴随着闪电，海底的遗蹟开始上浮露出水面。
“啊！到底发生什麽了！”
收到剧烈的海水波动影响，前往勘察的崛井和新城两个人，新城用力地握着架势杆说道。
“那个大黑影是什麽东西！”崛井这时候突然看到了收集器捕捉到的现场图像，震惊的说道。
长眠於此的黑暗的支配者。经过三千万年的休眠，终於要再次苏醒，为了夺取这个世界而让世界陷入绝望的黑暗。
“总部！总部！”
海豚号失去了和总部基地的联系。
“海豚202号，，快回答！崛井！新城！”
作战室内，不管宗方如何呼叫，都再也听不到两个人的回应。
“海底，到底出了什麽事情？”居间惠队长很严肃的问道。