奈克赛斯和黑暗梅菲斯特两人展开过多次死斗，但因为实力不相上下，始终没有结果。
黑暗梅菲斯特召唤被姬矢准消灭的第一头异生兽——“地狱三头犬”伽鲁贝洛斯。姬矢准悲伤的回忆和恐惧竟再次被唤起，被压制而陷入苦战，最终在夜袭队的援助下险胜。
虽然战胜了地狱三头犬，但因为经过多番战斗，姬矢准的身体已破损不堪，在击败格鲁格来姆后又被TLT捉拿进行实验，身体情况更是雪上加霜。
此时黑暗梅菲斯特派出异生兽库土拉引诱奈克赛斯到终焉之地决战。被奈克赛斯多次救回的夜袭队也终于对奈克赛斯认同，更利用铬金切斯特战机的终极射线唤醒晕倒的奈克赛斯。
奈克赛斯与黑暗梅菲斯特终在火光中双双消失。在光芒之中孤门见到姬矢准，他便预言光会被某人继承，当异生兽再度出现的时候，新的奥特曼出现了。
姬矢准消失后，异生兽依然继续出现，这时一个蓝色的奈克赛斯站立于众人眼前。
战斗过后，孤门在附近一带搜查时，发现一个可疑的少年，于是便跟踪他。从伤势上，孤门可以肯定这少年便是适能者。
孤门道明来意后，与少年千树怜成为了好友，并承诺会保守秘密。
TLT亦对千树怜起了疑心，派出MP的野野宫瑞生跟踪怜。不过瑞生不但跟踪失败，还与怜成为了朋友，甚至开始爱上了他。
在孤门和瑞生追查下，发现怜与一个名为“普罗米修斯之子计划”有关。在说明者的说明下得知这是一个优质因子婴儿的培育计划，怜是从美国逃出来的。
在终焉之地之战后失踪的沟吕木真也再次出现，但却失去了记忆。他更与一个父母被他间接杀害的小女孩为伴。后来沟吕木被TLT捉住，在囚室间他恢复了记忆，更得知自己只是黑幕的傀儡，沟吕木决定在死前与那女孩再见面，于是胁持瑞生离开。
在同一时间，未知之手将黑暗梅菲斯特的力量与MP的三泽广之融合，诞生了黑暗梅菲斯特第二代，向众人袭来。
孤门和西条在追捕沟吕木真也时，三泽突然变身成黑暗梅菲斯特第二代攻击众人，幸好怜及时变身成奈克赛斯阻止了黑暗梅菲斯特二代，不过却陷入苦战。恢复人性的沟吕木利用自己的意志和光再次变身成梅菲斯特，沟吕木舍命把黑暗梅菲斯特二代抓住，奈克赛斯只好无奈把两人一同消灭，沟吕木最终死在了西条的怀里。
作为“普罗米修斯之子计划”的失败作，怜的身体日渐衰弱，但这次的异生兽却有展开领域的能力，使奈克赛斯不能展开“美塔领域”，也阻碍黑暗领域的展开。
怜迫于无奈在真实世界作战。打退梅嘎福拉什后因千树怜体力不支加上被TAT捉拿进行实验，在千树怜体力迅速下降时，随后被夜袭队救下。
梅嘎福拉什及伽汝布斯都被打败后，“未知之手”只好利用过去所有异生兽合成强力异生兽伊兹麦鲁，怜亦只好冒死出战
。奈克赛斯一直陷入苦战，在危急关头下，幸得说明者鼓励，令奈克赛斯再次站起来并打败伊兹麦鲁。事后怜已疲倦得倒在地上，幸好补完药物“拉斐尔”及时完成，怜才得以续命。
怜之后，下一个适能者竟是西条副队长，同时石堀队员亦露出了真面目。
原来石堀队员正是黑暗扎基，而杀死西条的父母、沟吕木变成黑暗梅菲斯特都是他一手安排，目的是令西条心中充满仇恨。当西条变成奈克赛斯时，立即被忘川侵蚀，黑暗扎基因此得到解放，而且因为西条心中充满仇恨变得更强。
孤门奋不顾身地进入忘川救回西条，而光之纽带亦于同时降临到了孤门身上。
孤门联想起姬矢和怜的变身，大喊一声奈克赛斯便立即变身。不过孤门仍不是扎基的对手，完全被对手碾压。这时突然姬矢、怜出现于孤门的脑海中，奈克赛斯立即变成了红色青年形态反击，之后孤门又变成了蓝色青年形态战斗，就在那时，人群突然想起当年的THE的事件，他们都纷纷为奈克赛斯打气。在人们的鼓励下，孤门终于解放出「第一来访者」的力量，变成了诺亚·奥特曼.
诺亚以压倒性的力量把扎基轰到太空，更以闪电·诺亚把扎基消灭化作宇宙的尘埃。